Un cours d’eau suppose un écoulement d’eau constant qui part d’une source
Plusieurs législations exigent de savoir ce qu’est un cours d’eau. Par exemple, la politique agricole commune exige le respect de distances par rapport aux cours d’eau. Au fil des affaires, le Conseil d’Etat a donc donné une définition du cours d’eau qui a été reprise par le législateur par la loi n°2016-1087 du 8 août 2016. En vertu de cette loi, « constitue un cours d'eau un écoulement d'eaux courantes dans un lit naturel à l'origine, alimenté par une source et présentant un débit suffisant la majeure partie de l'année.
L'écoulement peut ne pas être permanent compte tenu des conditions hydrologiques et géologiques locales » (art. L. 215-7-1 du code de de l’environnement).
Dans plusieurs affaires, le juge administratif a appliqué cette jurisprudence devenue loi. La question se pose notamment quand il faut faire la distinction entre un cours d’eau et un fossé. Ainsi, le préfet du Loiret a refusé de requalifier en fossé les écoulements dans une propriété irrégulièrement qualifiés, selon le propriétaire, de cours d'eau. Le propriétaire attaque cette décision préfectorale. La cour administrative lui donne raison. Pour en arriver à cette conclusion, la cour administrative se fonde sur la carte de Cassini et la carte d'état-major. Il en résulte que des écoulements d'eaux courantes sont présents sur la propriété ce qui est de nature à établir l'existence d'un lit naturel à l'origine. Toutefois, il ressort d'un rapport d'expert réalisé en septembre 2015 qu'aucune source ni aucun débit n'a été constaté. L'Etat ne saurait remettre en cause cette expertise en se bornant à soutenir qu'elle a été réalisée lors d'une année de particulière sécheresse, que la présence d'étangs peut masquer l'existence de sources et que l'entier tronçon a été classé en cours d'eau par le conseil supérieur de la pêche en 2006. Si l'expertise de 2006 mentionne la présence d'un écoulement, d'invertébrés aquatiques et d'hydrophytes, ce qui peut attester un débit suffisant la majeure partie de l'année, cette étude est trop ancienne pour contredire utilement l'expertise de 2015. D'ailleurs, il ressort d'une carte publiée en janvier 2019 par la direction départementale des territoires et de la Mer (DDTM) du Loiret que les écoulements de La Harancherie, en aval de la propriété de M. de la Selle, ont été classés en fossés (CAA Nantes 20/09/2019, n° 18NT02211).
A l’inverse, la cour administrative d’appel de Nancy identifie un cours d’eau dans l’affaire suivante. Le préfet de Meurthe-et-Moselle a demandé à un propriétaire de remettre en état un ruisseau. Le propriétaire refuse, attaque cette décision et soutient qu’il n’y a pas de ruisseau mais un simple fossé. La cour administrative lui donne tort. Il résulte notamment des photographies et cartographies produites par le préfet, que le ruisseau de Bezaumont apparaît sur la carte des Naudins 1728-1739, sur plusieurs cartes géologiques, topographiques et miliaires du 19ème siècle, a été répertorié par l'état statistique des cours d'eau non navigables ni flottables dès 1894, et figure également sur des cartes topographiques IGN de 1975, 1984 et 2006. Les photographies réalisées par l'agence française de la biodiversité, confirment l'existence et la permanence du lit naturel de ce ruisseau dans les secteurs où il n'a pas fait l'objet d'un aménagement par la commune de Bezaumont et montrent qu'il cheminait sur les parcelles du propriétaire avant que ce dernier ne procède, sur une longueur de deux cents mètres en amont de sa confluence avec " la Natagne ", à son comblement et à sa canalisation.